مواضع مذهبی

وی در سال ۱۳۷۹ از سید محمد خاتمی، رییس‌جمهور اصلاح طلب خواست سالروز كشته شدن دختر پیامبر اسلام را تعطیل رسمی اعلام کند که این امر محقق شد.[۱۹]

در آذر ۱۳۸۹ وی نمایش چهرهٔ ابوالفضل را در یک سریال تلویزیونی نامشروع دانست. پس از آن وبگاه الف متعلق به احمد توکلی با ادبیاتی تند به انتقاد از وی پرداخت و پس از مطرح کردن موضوع سریال از او پرسید که چرا رفتار معترضان در روز عاشورای سال قبل و مراسم تشییع حسینعلی منتظری را محکوم نکرده‌است. بسیاری از سایت‌ها از جمله شیعه آنلاین این مقاله را اهانت مستقیم به مرجعیت شیعه و دخالت در کار مراجع دانستند و محکوم کردند.[۲۰]

در درس خارج خود در مسجد اعظم قم، در ۱ اسفند ۱۳۸۹، اشاره‌ای به موضوع زندان از نظر فقه نموده و از آن به عنوان موضوعی شدید یاد کرد که فقط فقیهی که به «مُخّ فقاهت» رسیده، می‌داند که حبس در چه مواقعی جایز است. وحید خراسانی تأکید نمود که اساس دین بر حریت است: «فقیهی که به مُخّ فقاهت رسیده، می‌داند حبس در چه مواردی است و چقدر امر حبس شدید است و اساس دین بر حریت بشر است و حبس و زندانی کردن او و حرمان او از جامعه و از خانواده در چه حد از شدت است و موارد حبس در شریعت در چه مواردی و با چه دقتی مطرح شده‌است»[۲۱][۲۲] خانوادهٔ گروهی از زندانیان سیاسی این سخنان وحید خراسانی را به عنوان انتقاد از دستگاه قضایی کشور تعبیر کرده‌اند و با ارسال نامه‌ای از موضع‌گیری وی تقدیر نموده‌اند.[۲۳]

در یکی از سخنرانی‌های خود، خطاب به پاپ گفته است: «ای پاپ وامانده! که سکوت می‌کنی، عرضه داری جواب این را بدهی؟ اگر این قرآن نبود به حکم تورات و انجیلی که الآن هست، عیسی بن مریم ولد الزنا است و ولد الزنا محروم از ملکوت خدا است پس هم نسب عیسی، هم حسب عیسی به برکت نفس خاتم انبیاء است.[۲۴]

وی در سال۱۳۹۴در سخنرانی خود بشدت وحدت اسلامی‌را مورد انتقاد قرار دادو از داعیان وحدت اسلامی به فروشندگان بضعه المصطفی یادکرد.